慢性肠炎发作时，出现腹泻、腹痛等。病久则呈现慢性营养不良。体格检查可有腹部压痛。 
 
大便常规可见白细胞，红细胞和少量脓细胞。大便培养可找到致病菌。

X线钡剂检查和结肠镜检查可排除其他特异性肠道炎症。

以上方法可以明确诊断慢性肠炎。